El tratamiento debe estar enfocado no solo en eliminar la infección activa, sino en corregir la posible causa (crecimiento prostático, cálculos, estrechez de la uretra, entre otros).
La infección que no presenta síntomas sólo requiere tratamiento en mujeres embarazadas y pacientes que van a ser sometidos a instrumentación urológica.
En las infecciones de vía urinaria no complicadas, el tratamiento inicial puede ser empírico y basado siempre en la sensibilidad local. El tratamiento con antibiótico debe, en la medida de lo posible, ser elegido de acuerdo al resultado del urocultivo, el cual deberá tomarse antes de iniciar algún antibiótico.
Las infecciones urinarias no complicadas pueden manejarse de manera ambulatoria. Los pacientes con inmunodepresión o con datos de infección por bacterias requieren también de un hemocultivo (cultivo de la sangre).
En los  pacientes con IVU complicada se inicia el tratamiento empírico reevaluando el tratamiento de acuerdo con la respuesta del paciente y modificándolo en función del cultivo. Los pacientes con sonda urinaria no se deben medicar a menos que presenten síntoma de infección activa (fiebre, escalofríos, dolor o ardor al orinar).