En el interior de la Catedral Primada de América se conservan las estructuras de la más rigurosa interpretación que se haya hecho, entre otros, las del estilo  gótico con aderezos del románico.

Si de nuevo llegamos al interior de la Catedral Primada y elevamos la mirada hacia arriba observamos la bóveda cuatripartita de la nave central gótica, encontramos líneas de fuerza que se descomponen en un juego de simetrías y analogías diagonales llamadas nervaduras radiales, las cuales son el nervio espinazo y el ligamento que une la piedra principal que encierra esta bóveda con los puntos de intersección los cuales en el medio crean un juego de cuatro triángulos esféricos.

También, están  las ventanas que se abren en los muros, no sólo en las capilllas laterales, sino en el ábside o cabecera poligonal correspondiente al ancho de la nave central, las cuales son entradas de luz al interior.

Asímismo, están las columnas cilíndricas cuya unión con las nervaduras radiales de las bóvedas presentan curiosas figuras, como también en todo el cuerpo interno de las capillas laterales, principalmente en las superficies de los vértices esquineros. Entre los que apreciamos  rostros humanos y otros tipos de figuras geométricas.  Igualmente, en los arranques que bordean los marcos de las entradas de las capillas podemos apreciar las largas hileras de bolas isabelinas que ocupan el estílo manuelico. Y en el remate de una de las columnas torsas del ábside se puede observar el decorado en piedra con grueso altorrelieve de ovejas, símbolo renacentista.     Están las columnitas torsas (retorcidas) de la parte semicircular de la bóveda, divididas en la unión de arriba con figuras en altorelieve, unas con combates de duendes y otras con demonios y lobos.

La capilla de San Francisco de Paula tiene una bóveda con un techo  exterior que presenta una cupulita encima de dos triángulos curvilíneos que forman su anillo, pero ésta en el interior, al fondo abiertas en el muro tienen tres estrechas ventanas rectangulares que son tragaluces, cuyas cavidades son adornos geométricos de piedra.