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El año 1954 marcó el final del hombre que acumuló más poder al lado de Trujillo que ningún otro dominicano, quien, además de su eficiencia y dinamismo al servicio del régimen, reconocida aún por sus adversarios y su función de pararrayos, el país fue testigo de como con un simple decreto, como por la ley de la gravedad, se inició su caída, ya que el 28 de agosto de 1954 se dejó sin efecto el nombramiento de Anselmo Paulino Álvarez como mayor general honorario del Ejército Nacional y simultáneamente fue suprimida la Secretaría de Estado sin Cartera que desempeñaba. Se trataba del mismo hombre sobre el cual Trujillo había promulgado tres decretos en un solo día, cuando compartía las cumbres del poder en los años cuarenta.
Habiendo sido sometido a prisión Anselmo Paulino por el Juzgado de Paz de la Segunda Circunscripción con treinta días y multa de RD$5,000.00 por violación de la Ley de Cédula, el 24 de diciembre de 1954 la Primera Cámara Penal confirmó la sentencia en grado de apelación, iniciándose así un largo proceso de juicios contra el hombre caído en desgracia.
A la anterior siguió otra multa de RD$500.00 y diez días de prisión por sentencia de la Segunda Cámara Penal el 12 de marzo de 1955, por transitar con una placa de exhibición, en un vehículo propiedad de Anselmo Paulino Álvarez. Confiscándose más luego, un vehículo al Sr. Cristóbal Paulino Álvarez, el cual fue vendido en pública subasta bajo el alegato de que utilizaba una placa de jeep, tratándose de un automóvil.
A partir del mes de abril de 1955, siguió un largo proceso de acusaciones, vinculando a una serie de funcionarios, acusándolos de que mantenían estrechas relaciones de colaboración y amistad con Anselmo Paulino Álvarez que iban desde el Dr. Joaquín Balaguer hasta con funcionarios alejados de Paulino Álvarez como el Lic. Rafael F. Bonelly, viéndose obligado el Dr. Balaguer el 20 de abril del referido año a precisar el tipo de relaciones que mantenía con el hombre caído en desgracia con Trujillo, ya que el Foro Público emplazó al Dr. Balaguer a explicar dichas relaciones.
La desgracia de Anselmo Paulino Álvarez se extendió a su familia, siendo condenado a dos años de prisión el ex capitán del E.N., Cristóbal Paulino Álvarez, a lo que siguió la condena de diez años de trabajos públicos al propio Anselmo Paulino Álvarez, mediante una sentencia de la Segunda Cámara Penal, y el ocho de mayo de 1955, mediante decreto, se le retiraron todas las condecoraciones, nacionales o extranjeras que se le hubiesen otorgado.
El 10 de junio de 1955 Anselmo Paulino Álvarez interpuso un recurso de apelación contra la sentencia que lo condenó. Tiempo después fue autorizado a salir del país, viviendo en el exilio en Suiza y España. Después de 1966 ocupó las funciones de Embajador en Francia y en España. A su retorno al país, según testimonios de algunas personas, pidió perdón a todos sus enemigos y adversarios.
