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Mediante la Bula In Apostolatus Culmine, expedida en Roma el 28 de octubre de 1538, Su Santidad el Papa Pablo III elevó a la categoría de universidad el Estudio General Santo Tomás de Aquino que regenteaban los religiosos dominicos del Real Convento de La Española bautizándola con el nombre de Universidad de Santo Domingo (Universitas Santo Dominici). Se trataba de la primera de las treinta y dos universidades fundadas en el Nuevo Mundo. Le siguieron las universidades de San Maros d Lima y la de México, fundadas ambas en 1551, la primera por Real Cédula del Emperador Carlos V y confirmada por Su Santidad el Papa Pío V, en tanto que la segunda lo fue por Cédula Real del Príncipe Felipe, fechada en Toro, España, el 21 de septiembre de 1551 y confirmada por Su Santidad el Papa Clemente VI por intercesión de la Bula Ex Supernae Dispositionis Arbitrio fechada el 7 de octubre de 1595. Esas instituciones jugaron un papel de mucha importancia en la evaluación y en el desarrollo de las sociedades latinoamericanas y caribeñas. Orientadas en una primera etapa a la formación del personal requerido por la burocracia colonial, civil y eclesiástica, contribuyeron luego a la sustitución de las autoridades españolas por los representantes de las oligarquías republicanas y apoyaron posteriormente el ascenso de la clase media, a través de movimientos de reformas universitarias iniciado en Córdoba, Argentina, en 1918. Esas fundaciones universitarias se llevaron a cabo cuando en Europa no había sino 16 universidades y ninguna en lo que es hoy los Estados Unidos de Norteamérica. Vale la pena apuntar que en la época en que fue fundada la célebre Universidad de Harvard, la América Española contaba con 13 Casas de Altos Estudios que llegaron a 31 a principios de las guerras de independencias.
Ocurrió que el original de la Bula fundacional de la Pontificia Universidad de Santo Domingo se perdió cuando las tripulaciones de los buques del Corsario ingles Francis Drake incendiaron la biblioteca y los archivos del Real Convento de los Dominicos, se extraviaron varios tomos, ente ellos, el tomo en que se hallaba la copia directa y primigenia del documento fundacional de la Universidad Primada, la Bula In Apostolatus Culmine. Y no fue hasta principios de los años 50 del pasado siglo 20, gracias a los trabajos de investigación llevados a cabo por el historiador dominico de la Universidad de Salamanca, presbítero Vicente Beltrán de Heredia y por el historiador dominicano César Herrera que se encontraron pruebas documentales de la existencia de tan preciado documento. El investigador español encontró en el Archivo Vaticano, en el inventario de Bulas Perpetuas del Papa Pablo III, la partida o registro correspondiente a la Bula fundacional de la Universidad Primada y la suplicatoria de los dominicos para obtener la Bula erectora que eleva a la categoría de Universidad su Estudio General, prueba irrefutable de que la misma había sido aprobada y despachada por Su Santidad el Papa Pablo III. César Herrera localizó en el Archivo General de Indias la copia legalizada más antigua de la referida Bula “con su sello de plomo pendiente de sus hilos de seda cadarzo y amarillo con ciertas firmas”
Los hallazgos de Vicente Beltrán y de César Herrera debieron poner punto final a la controversia entre las Universidades de San Domingo, Lima y México por la primacía fundacional universitaria de América. Pero, como veremos más adelante, no fue así. Resultó que con la llegada trono de Felipe II empezó a cundir el espíritu centralista que dio lugar a una mayor intervención del Consejo de Indias en la vida universitaria, algo que no había ocurrido en el reinado anterior y no había por qué aplicar a Indias lo que todavía no se había establecido en España. Tampoco debe pensarse que los dominicos ocultaran la tramitación de la Bula fundacional de la Universidad regentada por ellos. Encontrada la solicitud y el registro de la aprobación y despacho de la Bula In Apostolatus Culmine, tenemos un antecedente y un consiguiente irrebatible acerca de la historicidad y autenticidad de la misma.