Hongos-cacao
Los hongos, que generalmente se producen por humedad, están causando daños considerables a las plantaciones de cacao del país. Provocan pérdidas estimadas entre 10 y 12% de la producción nacional, según especialistas del áreas. Una de las enfermedades más importantes del cacao provocada por hongos, es la de la Mazorca Negra o Phytophthora. Ataca todas las partes de la planta (hojas, tronco, chupones, frutos y raíces). Esa enfermedad es imposible de eliminar, pero se pueden bajar los daños manteniendo una sombra no mayor de 40% en la finca, que le entre sol y aire al cacaotal; tumbar y dejar en el suelo los frutos con la mancha negra y los secos; podar y cortar las partes enfermas de la planta; no amontonar las cáscaras de frutos cosechados, sino regarlas en sitios soleados de la finca, y mantener un buen drenaje. La Buba Agalla del Cacao es otra enfermedad causada por hongos. Se está regando por todas las plantaciones del país y la gran mayoría de los productores no lo saben. Son unos brotes que se forman en los puntos florales parecidos a un repollo verde y llega al tamaño de un panal de comején. Hay que hacer una fuerte poda o eliminar la mata. Las bubas se secan y se llenan de un polvo blanco que se riega en la finca, cuando usamos herramientas sin desinfectar para cosechar o podar el cacao. Se cura cortando las bubas con parte de cáscara del palo y se curan los cortes con ceniza o cal viva humedecida. La Rosellinia del cacao es otra enfermedad causada por hongos de suelo que ataca las raíces de los árboles leñosos, como aguacate, naranja, cacao y zapote. Le pudre las raíces a los árboles, se secan y se les caen las hojas poco a poco. Se combate eliminando las plantas viejas, desnutridas y enfermas, mantener la finca con buena entrada de sol y aire, y abonar las matas.
Ratas
Las ratas y los carpinteros son dos plagas muy dañinas para los cacaotales y tienen a los productores al salto de la pulga. Ambos dañan las mazorcas de cacao. No dejan las cáscaras ni las ramas de podas en balsas. Las ratas se combaten con cebos o raticidas y trampas antes y después de la cosecha. Las lechuzas, culebras, cernícalos y guaraguaos controlan esa plaga. El carpintero pica las mazorcas y daña los granos. Es difícil de controlar por esquivo.