Poco se sabe de la parte amorosa de Cristóbal Colón. Conoció a Felipa Moniz de Perestrelo, en Portugal, en 1476. Felipa no trató a su padre, Bartolomé de Perestrelo, porque murió el mismo año en que ella nació. Fue navegante portugués y primer capitán, señor y gobernador de la Isla Porto Santo, un archipiélago de Madeira, frente a las costas de Africa, y casó con Isabel Moniz. Cristóbal conoce a Felipa cuando tenía 25 años y Felipa 19, asistiendo a misas en el Monasterio Dos Santos en Lisboa. Se casaron en 1479 y fueron a residir a Porto Santo de donde era oriunda. Felipa no era noble pero pertenecía a una familia aristocrática. Es allí donde nace su hijo, Diego Colón.

Según algunos historiadores, Colón abandona la familia lo que hace que Felipa se recluya en un convento y Diego queda en el Monasterio de la Rábida, encomendado a clérigos. Esta teoría nace porque que en un convento portugués apareció la firma de una monja con el mismo nombre. Otros historiadores dicen que Colon enviudó.

En un viaje a Córdoba, conoce a Diego de Arana, un marino que lo acompaño en su primer viaje de descubrimiento, y este le presenta a su prima Beatriz Enríquez de Arana, de 20 años aproximadamente, de origen humilde con quien Colón procrea un hijo llamado Hernando, pero nunca se casaron y luego los abandonó. Colón ordena a su hijo Diego ordenar y velar por una pensión vitalicia a Beatriz, pero no le llegaba con regularidad.

Existe discrepancia sobre el cuidado de los hijos de Colón, pues para algunos los crió Beatriz y otros creen que fue su cuñada Briolanja. Luego de la larga ausencia durante su primer viaje, de regreso en 1493, de camino a Barcelona a reportarse con los Reyes Católicos, busco a sus hijos para presentarlos en la corte en calidad de pajes del rey Juan de Portugal, según un escrito de la historiadora León Guerrero.
Es muy conocido de que Colón congenió con la Reina Isabel I y fue su apoyo para la realización de sus viajes.