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Carlos Rafael nació el 7 de abril de 1833 en Santo Domingo, en los tiempos en que el pueblo dominicano estaba sometido a la oprobiosa ocupación haitiana, siendo declarado como hijo natural. Su madre fue Rosa Pierret Grandier y su padre Adolfo Nouel Gobert, quien lo reconoció años más tarde.

Cursó estudios en el Colegio Nacional de San Buenaventura, se graduó en leyes  y el 24 de diciembre de 1858 obtuvo su certificado para ejercer la profesión de Abogado. Fue condiscípulo y coetáneo de Fernando Arturo de Meriño a quien le unió una gran amistad que culminó en el compadrazgo.

Fue maestro de Derecho en el Instituto Profesional. Junto a Pedro Antonio Bobea tradujo el Código Civil francés para aplicarse en el país. Ocupó varios cargos públicos; entre otros, fue Diputado a la Cámara Legislativa y Secretario de la misma en 1875.

Ingresó a la masonería desde joven, llegando a ostentar el grado 32 con el título de Caballero del Real Secreto. Fue Venerable Maestro y Secretario General del Gran Oriente Nacional. Escribió para La Colmena Masónica, la «Reseña Histórica de la Masonería en Santo Domingo», obra que ha sido considerada como un clásico en su género.

Escribió también «Apuntes Históricos de Santo Domingo». Sin embargo, su obra más completa e importante es «Historia Eclesiástica de la Arquidiócesis de Santo Domingo», cuya primera entrega apareció en el Boletín Eclesiástico No. 4 del 1 de septiembre de 1884.

Carlos Rafael casó con Clemencia Antonia Bobadilla Desmier, hija de Tomás Bobadilla Briones y María Virginia Desmier D’Olbreuse, el 23 de noviembre de 1854, en la Santa Iglesia Catedral de Santo Domingo.

Carlos Rafael y Clemencia Antonia tuvieron diez hijos:

Carlos Tomás, que nació el 24 de junio de 1855, en Santo Domingo y casó con Hortensia Victoria Victoria; Rosa Altagracia, que nació el 6 de febrero de 1857, en Puerto Plata y casó con Ignacio González Lavastida; Josefa Antonia, que nació el 9 de octubre de 1858, en Santo Domingo. Hizo votos religiosos, convirtiéndose en Sor Clemencia de San José de la Congregación de las Mercedarias; Adolfo Alejandro, que nació el 12 de diciembre de 1862, en Santo Domingo, quien siguiendo una fervorosa vocación sacerdotal llegó a ser Arzobispo de Santo Domingo y por un brevísimo tiempo Presidente de la República; José María, que nació el 23 de julio de 1864, en Valencia, Venezuela y casó con Altagracia Simpson; Virginia Abigail, que nació el 12 de marzo de 1867, en Santo Domingo. Su padrino de bautismo lo fue Monseñor Fernando Arturo de Meriño. Virginia casó con Andrés Julio Montolío Moscoso; María Margarita Petronila, que nació el 23 de mayo de 1868, en Aguadilla, Puerto Rico. Murió de meses; María Teresa Bárbara, que nació el 4 de diciembre de 1869, en Aguadilla, Puerto Rico y casó con Domingo Guillermo Penson Rodríguez; Federico Augusto, que nació el 21 de enero de 1871, en Mayagüez, Puerto Rico y murió de apenas tres años en 1874; y Bienvenido Salvador, que nació el 23 de diciembre de 1874, en Santo Domingo y casó con Ramona Julia Vallejo Mieses.

Viviendo Carlos Rafael en Puerto Príncipe, Haití, donde representaba al país en calidad de Encargado de Negocios, murió su esposa el 6 de mayo de 1876. Después de su relativamente corto pero fructífero matrimonio con Clemencia Antonia, dirigió sus pasos a la vida religiosa. Fue ordenado presbítero el 1 de mayo de 1884, por el Arzobispo Metropolitano de Haití, Monseñor Jean Marie Guilloux. Ejerció el ministerio sacerdotal en Santo Domingo, Santiago, Puerto Plata y La Vega.

El caso del presbítero Carlos Nouel fue diferente al de los otros religiosos tratados en esta serie «Descendencias Sacerdotales», ya que primero estuvo casado, formó una larga familia y años después al enviudar, fue ordenado sacerdote mediante la dispensa de lugar. Cumplió con sus obligaciones como religioso sin abandonar las responsabilidades familiares que, como padre de una larga prole, pesaban sobre él.

Muchas personas confunden al presbítero Carlos Nouel con su hijo monseñor Adolfo Nouel, imputando erróneamente a éste último la descendencia del primero.

El presbítero Carlos Nouel falleció el día 17 de enero de 1905 en la ciudad de La Vega donde residía junto a su hijo menor Bienvenido Salvador.