Conocida por muchos dominicanos como la iglesia de Los Trinitarios, por encontrarse frente a la casa donde Juan Pablo Duarte y sus compañeros fundaron la sociedad secreta La Trinitaria, sus parroquianos recuerdan a la iglesia de Nuestra Señora del Carmen en la Ciudad Colonial de Santo Domingo por las tradicionales procesiones de Cristo Crucificado.
Vinculada a sus orígenes estuvo la cofradía de morenos criollos de Nuestra Señora de los Remedios del Carmen y Jesús Nazareno, fundada en 1592 y aprobada por el rey Felipe III en 1608. La iglesia, originalmente una capilla, se terminó en 1630 y se levantó justo al lado de la capilla del hospital de San Andrés, actual Padre Billini. Por muchos años durante la colonia, su entorno fue una zona periférica de la ciudad, por hallarse cercana a la muralla y estar poblada por negros.
Los primeros registros de enterramientos realizados en esta iglesia datan de la segunda mitad de la década de 1660. En el libro de enterramientos correspondiente al período 1666-1701 constan los de Juan Pastrana, quien “se enterró en el Carmen” el 26 de agosto de 1666; J. de Betancor (sic), sepultado “en el Carmen” el 14 de noviembre de 1666; Gabriel de Soto, “mulato libre”, inhumado el 27 de febrero de 1669; Cathalina (sic), cuñada de Domingo Cortes, sepultada el 11 de junio de 1669 y Pascual Núñez, inhumado el 28 de julio de 1670 y esposo de Isabel Rodríguez.
En el siglo XVIII, José Luis Sáez, en su “Breve historia de la parroquia de Nuestra Señora del Carmen”, identifica seis enterramientos: Isabel María Álvarez, el 25 de mayo de 1702; el hijo párvulo de Isabel de la Paz, el 29 de enero de 1703; Juan de Vargas, el 23 de abril de 1706; María del Carmen, el 7 de septiembre de 1710; Juan de Vargas, el 23 de abril de 1706 y Juan de Casillas, viudo de Inés Montero, el 4 de agosto de 1763.
En el siglo XIX, este autor agrega que tanto en la ermita como en su patio fueron enterrados Josefa Sánchez del Rosario, de 18 años, el 25 de julio de 1814; Juana de Lora, esposa de José Álvarez, el 17 de enero de 1815; “la anciana Bárbara”, de 80 años, el 14 de octubre de 1815; María Candelaria Pajón, esposa de Domingo Pérez, el 17 de abril de 1816; José de Castro, esposo de María de Castro, el 12 de julio de 1816; Pablo Ramírez, viudo de Francisca Lazareno, el 28 de enero de 1817; Antonio de Borja, nativo de Sevilla y casado in artículo mortis; Basilia Cormero, el 28 de marzo de 1817 y Manuela Álvarez Aybar, esposa de Vicente Guerra, artillero de Puerto Rico, el 24 de mayo de 1817.
De ninguno de los anteriormente mencionados y registrados como sepultados en esta antigua iglesia se conserva tarja o epígrafe alguno dentro o en el exterior. Es probable que la mayoría fuera sepultada en el cementerio que se encontraba en la esquina de las calles Arzobispo Nouel y Sánchez.