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Cuando aún no había terminado la Conquista de América y a pocas décadas del Descubrimiento, los españoles ya habían fundado más de treinta universidades en tierras del Nuevo Mundo. La primera fue la Universidad de Santo Domingo, fundada en la ciudad del mismo nombre el 28 de octubre de 1538; y la última fue la de León de Nicaragua creada por decreto de las Cortes de Cádiz el 10 de enero de 1812. La mayoría de las universidades coloniales fueron a la vez pontificias (creadas por Papas) y Reales (creadas por reyes y monarcas).
El fenómeno de la temprana fundación de instituciones de educación superior en el Nuevo Mundo ha sido explicado de distintas maneras y desde diferentes puntos de vista. Por la falta de espacio, vamos a centrarnos en explicaciones de carácter pragmático señalando como factores que determinaron dichas fundaciones, entre otros, la necesidad de proveer localmente de instrucción religiosa a los novicios de las diferentes órdenes religiosas que acompañaron al conquistador español, a fin de satisfacer la creciente demanda de personal eclesiástico creada por la ampliación de las tareas de evangelización; la conveniencia de proporcionar oportunidades de educación, más o menos similares, a los hijos de los peninsulares y criollos, a fin de vincularlos culturalmente al Imperio español, y a la vez preparar el personal necesario para ocupar los puestos secundarios de la burocracia colonial, civil y eclesiástica; y hacer posible la presencia en las aulas universitarias del Nuevo Mundo de religiosos formados en instituciones de educación superior europeas, principalmente en Salamanca y Alcalá de Henares. Esas consideraciones no son del todo suficiente para explicar la fundación temprana de universidades en tierras americanas. Las mismas podrían haber sido satisfechas sin tener que recurrir a la fundación de esas entidades: Portugal no creó ninguna universidad en el Brasil durante la época colonial; Inglaterra construyó un imperio sin otorgarle importancia alguna a la fundación de universidades. Por lo visto, España constituyó la excepción entre las potencias coloniales.
Los movimientos independentistas de América no implicaron la modificación de las estructuras socio-económicas de las antiguas colonias, es decir, carecieron de un contenido revolucionario, limitándose en gran medida a la sustitución de las autoridades peninsulares por los criollos representativos de las oligarquías terratenientes y de la naciente burguesía comercial. Y en cuanto a estudios superiores y universidad se refiere, sus respuestas a los mismos no brotaron de las entrañas mismas de la realidad americana; tampoco, correspondieron a sus necesidades. La imitación, el calco de la universidad francesa, fue el camino escogido por las jóvenes repúblicas para nacionalizar y modernizar sus antiguas universidades coloniales. Esto ocurría en momentos en que la universidad francesa acababa de experimentar profundos cambios, bajo la égida de Napoleón y los ideales politécnicos propiciados por éste. La concepción universitaria napoleónica se caracteriza por el énfasis en lo técnico profesional, la desarticulación de la enseñanza y la sustitución de la Universidad propiamente dicha por una suma de escuelas profesionales.