1. Tengo un empleado que iba a ser desahuciado, pero tuvo un accidente laboral. Después que reingrese a sus labores ¿cuándo podemos proceder con el desahucio sin que él alegue que es por causa de su licencia médica?

Usted puede proceder con el desahucio inmediatamente después que el empleado se haya reincorporado a sus labores; esto es, luego que haya ponchado tarjeta (si eso se hace en su empresa) y luego que haya asumido efectivamente su labor y puesto de trabajo. No obstante, mi sugerencia es que deje que transcurra al menos media jornada laboral o la jornada del día completo, y al final de ese día, podría ejercer el desahucio sin riesgo alguno.

2. Qué tiempo debe durar un empleado que haya salido de una empresa (desahucio), para volver a trabajar en la misma y qué base legal lo establece. Le pregunto porque existen muchos comentarios.

Eso dependerá del tipo de relación laboral.
Si se trata de una contratación para una obra o servicio determinado, el Art. 31 del CT establece claramente que deberá esperarse dos meses antes de recontratar a la misma persona.
En cambio, la ley no dice nada respecto a los empleados fijos, es decir, los que están vinculados al empleador mediante un contrato de trabajo por tiempo indefinido (definido en los Arts. 26 al 28 del CT).
En ese estado de cosas, tratándose de empleados fijos, mi sugerencia es que antes de recontratar a la persona se deje transcurrir un tiempo (no necesariamente dos meses), pero al menos un mes; y que ese intervalo esté acompañado de: 1) pago de los derechos y prestaciones laborales que corresponden al primer contrato; 2) salida (dar de baja) en la TSS inmediatamente después de la terminación del primer contrato, y entrada (dar de alta) en la TSS justo al iniciar el nuevo contrato; 3) que la persona no preste servicios durante ese intervalo; o sea que realmente se produzca la interrupción de la relación, para reanudarla después.

3. Los bonos que otorga una empresa como parte de beneficios adicionales, al ser pagados junto al salario del empleado ¿es legal que se tomen en cuenta para descuento de Impuesto Sobre la Renta?

Es inevitable que ese bono sea objeto de retención de impuestos, pues no está dentro de las exenciones previstas en el Art. 299 del Código Tributario.