Hoy 
Un elemento que caracteriza a un templo colonial es aquel cuya estructura es diferente a las demás, y que a través de los siglos ha permanecido intacta.
El otrora templo de San Francisco, del que actualmente sólo quedan las ruinas, aunque de una curiosidad muy singular, fue construido en el siglo XVIII por los frailes de la Orden Franciscana llegados a la isla en el año 1500, fue levantado en una colina con poca altura de la ciudad colonial.
Fue el primero de su especie en América, y es considerado uno de los monumentos cristianos de más importancia al ser mayor que todos los otros.
En su construcción se utilizaron grandes piedras talladas, y se hizo una zapata con una profundidad de 1.80 metros, cuyo fundamento arranca también de entre rocas internas.
De ésta levantaron altos muros de grueso cuerpo con el mismo material, que le dieron la solidez necesaria para soportar la bóveda, y cuya altura dominaba la parte sur de la ciudad de intramuros.
Éstos se pueden apreciar principalmente en la parte posterior del lado norte, que era donde antes estaba el presbiterio de ábside poligonal, la cual es una gigantesca mole cuyos elementos estructurales son los únicos que todavía permanecen en pie.
No ha perdido su esencia a pesar de encontrarse en estado de ruina, en contra del tiempo y los fenómenos naturales.
Allí, estos muros tienen tres contrafuertes sobresalientes de piedra tallada con una altura de aproximadamente 20 metros con dos de ancho y tres en los laterales. En ambos lados hay una ventana arqueada en la parte superior, perforada en esos gruesos muros con un marco enladrillado cuyos bordes que la rodean lateralmente se abren, algo único en una iglesia colonial. Los lados norte, noroeste y noreste forman la cara de pentágono.
Otra curiosidad es que el suelo delantero es el remate de un promontorio con tres metros de alto que surge desde la superficie de la calle Restauración con la esquina Hostos, el cual frontalmente dobla su cuerpo (también cubierto de piedras talladas).
En varios lados presenta huecos redondos que eran antiguas tuberías que servían de drenaje, a los cuales hoy les han introducido otro tipo de tubería.
Actualmente, arriba tiene una corta baranda compacta del mismo material cuya cima, enladrillada, forma un caminito para quienes suben allí por las escalinatas laterales. Además delante hay una verja de hierro.
