El diagnóstico preciso es la piedra angular en el manejo de estas enfermedades. Dependerá de ello el tratamiento eficaz.
Lo primordial es realizar una historia clínica exhaustiva que incluya detalles como los hábitos tóxicos, alimentarios, historia familiar y sintomatología. Posteriormente se orientará, según la sospecha clínica, cuáles estudios se debe realizar el paciente.
Las analíticas de sangre y heces permiten detectar anemias, además de determinar la presencia de infecciones o parásitos.
Existen analíticas más precisas que incluso pueden determinar en nivel de actividad de la enfermedad; podemos citar la calprotectina fecal, PCR y la eritrosedimentación, entre otras. También existen marcadores específicos como P-ANCA, ASCA etc. Los métodos de imagen utilizados incluyen la endoscopia de vías digestivas altas y bajas, siendo esta primordial por ofrecer la oportunidad de tomar biopsias que concluyan el diagnóstico, además de evaluar de manera directa el intestino.
La cápsula endoscópica es muy útil para hacer un estudio completo del intestino delgado y conocer qué área es la que está más afectada por la enfermedad, así mismo, la enteroresonancia magnética y la enteroscopia.
Se pueden utilizar además tc abdominal, tránsito intestinal, ecografía transanal (endoscópica), exploración anal y perineal bajo anestesia, gammagrafía con leucocitos marcados, enema opaco y otras técnicas puntualmente útiles. La ileoscopia es esencial en todos los casos que se sospeche EC.