El Distrito Nacional se llevó 34 medallas de oro en las conpetencias de natación de los XIII Juegos Deportivos Nacionales Monte Plata 2006. Las pruebas de natación, que se presenta como deporte de exhibición en la justa, se celebraron en la piscina del Club Deportivo Naco.

Los capitalinos se alzaron con 24 medallas de plata y 14 de bronce para sumar 82 preseas en total. Laura Rodríguez y Arturo Montilla, del Distrito, fueron los mejores nadadores en la competencia.  

La Sexta Zona se llevó 22 medallas a razón de dos doradas, cinco platas y 15 bronces.

El norte ganó una medalla de plata y el este no alcanzó. El Sur no compitió en el evento. Las competencias de natación fueron mudadas a última hora de su sede natural.