El Instituto Nacional de Recursos Hidráulicos (INDRHI) se crea mediante la Ley No. 6 del 8 de septiembre del año 1965; es la máxima autoridad nacional en relación al control, aprovechamiento y construcción de obras fluviales (regulación o encausamiento de los ríos y protección contra avenidas); de hidráulica agrícola (saneamiento natural por zanjas abiertas, evaluación artificial y drenaje); de riego por aspersión, de azudes y presas; y de centrales hidroeléctricas; como lo establece el artículo 4 de la Ley Nº 6 del año 1965.

Con la Ley 487 del 15 de octubre del año 1969, pasa a tener el control de la explotación y conservación de las aguas subterráneas.

El 25 de julio del año 2000 se promulgó la Ley Nº 64 sobre Medio Ambiente y Recursos Naturales; en dicha ley se estableció que el INDRHI estará adscrito al Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, de acuerdo al artículo 23.

El Reglamento para la aplicación de la Ley 487- 1969, de julio del 2004, le quita el manejo de las aguas subterráneas al INDRHI.

Art. 3.- El Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales es el organismo encargado del control y la conservación de las aguas subterráneas en todo el país.

Art. 4.- El Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales tendrá a su cargo la aplicación de este Reglamento. Con el fin de garantizar un aprovechamiento racional de las aguas subterráneas, la Secretaría realizará los estudios geológicos, geohidrológicos y de calidad de agua necesarios y/o aprovechará estudios realizados por otras entidades y por los responsables de las explotaciones, que permitan estimar las reservas de aguas subterráneas, evaluar su calidad, los equilibrios geohidrológicos y cualesquiera otros elementos que sirvan de base para un manejo sostenible de esos recursos, incluyendo la solución de los problemas que se presentan dentro de las zonas vedadas.

Art 5.- Para el logro de los objetivos de este Reglamento, el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, por sí solo o en coordinación con las instituciones y/o entidades pertinentes, realizará las tareas siguientes:
b) Supervisar los trabajos de construcción y explotación de pozos, de las obras de tratamiento y de la de disposición subsuperficial de aguas residuales, a fin de comprobar el cumplimiento de las previsiones del presente Reglamento y de las Normas establecidas.