Los cuestionamientos y controversias han matizado las funciones públicas que ha desempeñado José Francisco Peña Guaba, creando conflictos con sectores que terminan pidiendo su destitución.
El caso más reciente ha sido como director de la Autoridad Portuaria Dominicana (Apordom), cargo que al principio no quiso asumir debido a que esa entidad ya no maneja gran parte de los puertos, que están privatizados.
El martes Apordom embargó las cuentas de varias generadoras de electricidad por alegados servicios portuarios en estadías en puerto de barcazas, almacenaje, descargas y servidumbre. El monto de las deudas es de alrededor de RD$303 millones.
Se trata de Seaboard Dominicana y Ege-Haina. Mientras que ya había notificado facturas a AES Dominicana, San Felipe y la Corporación Eléctrica de Puerto Plata (CEPP). Las generadoras alegan que no han usado los servicios facturados por Apordom, al advertir que el suministro de energía en Navidad peligra debido a los embargos.
Inespre En el Instituto Nacional de Estabilización de Precios (Inespre), Peña Guaba fue acusado de usar esa entidad como agencia de empleos para miembros del Bloque Institucional Socialdemócrata (BIS) que dirige y que ha sido aliado electoral del gobernante Partido de la Liberación Dominicana (PLD) desde el año 2000.
Lotería Nacional. En agosto del 2008 Peña Guaba fue designado administrador de la Lotería Nacional y al poco estalla el escándalo por la asignación a legisladores de RD$27 millones para la compra de juguetes. Por este hecho la Alianza Dominicana por la Corrupción (Adoco) lo sometió a la Dirección de Persecución de la Corrupción Administrativa. Ahí se quedó el caso.
Después enfrentó un conflicto con la Federación Nacional de Bancas (Fenabanca) entidad a la que le requería el pago de RD$600 millones.
Fenabanca negaba la deuda y acusaba a Peña Guaba de autorizar bancas de forma irregular y permitir nuevas franquicias y juegos electrónicos de forma no transparente. A partir de ahí se libró una batalla que amenazaba con llegar a la justicia. Luego de protestas de los banqueros, incluido un piquete en la sede de la Lotería, Peña Guaba fue enviado a Apordom.
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Durante los cuatro años que estuvo al frente, (2004-2008) Peña Guaba amenazó con renunciar de Inespre en varias ocasiones porque no contaba con recursos financieros para retomar las ventas populares de productos básicos. Me quedé ahí porque tenía a 600 compañeros nombrados, declaró Peña Guaba en una entrevista a Clave Digital.