A principios de enero de 1966, exactamente el 6, día de los Santos Reyes, el presidente provisional, Héctor García Godoy, anunció la remoción del alto mando militar, encabezado por el Ministro de las Fuerzas Armadas, comodoro Francisco Javier Rivera Caminero. Dispuso también que una treintena de oficiales fuera al exterior a estudiar. El comodoro Ramón Emilio Jiménez Reyes fue nombrado como nuevo ministro; Francisco Amiama Castillo,dirigiría la Marina de Guerra y el piloto Luis Beuchamps Javier, en la Fuerza Aérea Dominicana. El coronel Enrique Pérez y Pérez, asignado a la FAD, sería el jefe del Ejército Nacional.
Pero al día siguiente, las designaciones del presidente fueron rechazadas por los seleccionados y por los sustituidos, alegando “sentimientos de solidaridad” con sus compañeros. Desesperado, García Godoy preguntó al gobierno de Estados Unidos si podía contar con el respaldo de la Fuerza Interamericana de Paz (FIP), que orientaban los norteamericanos. La actitud indiferente de los jefes de las fuerzas aliadas que ocupaban el país motivó que el gobernante dejara sin efecto los movimientos que había ordenado.
La crisis militar se mantuvo por varias semanas hasta que se alcanzó una salida parcial cuando Rivera Caminero aceptó el cargo de agregado naval en Washigton. Aunque era evidente la simpatía de la embajada americana con la selección de Jiménez Reyes para el importante cargo, a fines del mismo mes de enero ese apoyo se desinfló, y de inmediato, el propio Rivera Caminero informó al general Linvill, comandante de las fuerzas norteamericanas, que el coronel Pérez y Pérez “tenía el carácter fuerte requerido para ocupar la posición militar de más alto rango en la República Dominicana”.
El comodoro afirmó que su protegido Jiménez Reyes, y el comandante de la Cuarta Brigada, el coronel Osiris Perdomo Rosario, no tenían las cualidades necesarias para ocupar la posición. Al día siguiente, Rivera Caminero y el embajador americano se reunieron para discutir el mismo asunto. El nuevo representante dominicano en Washigton envió al presidente García Godoy una relación de tres nominados, que a su juicio reunían condiciones adecuadas para la posición de ministro, y uno de ellos sería Pérez y Pérez. Los otros dos eran Perdomo Rosario y Adriano Valdez Hilario. Luego de recibir la lista el presidente anunció el nombramiento de Pérez y Pérez como ministro de las Fuerzas Armadas con el rango temporal de general de brigada.
La designación aparentemente no fue difícil para García Godoy, ya que el coronel Perdomo Rosario fue el jefe de los tanques de San Isidro que sustituyó a Elías Wessin y Wessin cuando el jefe del CEFA fue enviado al exilio. En cuanto a Valdez Hilario, se tomó en cuenta que había sido comandante en el interior por mucho tiempo, y que, además, tenía vínculos con el Gobierno de Reconstrucción Nacional de Antonio Imbert Barreras. Mientras tanto, el nuevo ministro no tenía antecedentes cuestionables y las fuerzas aliadas y los norteamericanos lo consideraban “moderado”. Desde su exilio en Londres, el coronel Francisco Caamaño Deñó, también se identificó con la designación de Pérez y Pérez, su antiguo compañero en el CEFA. (Caamaño fue transferido de la Policía a la FAD, junto al coronel José de Jesús Morillo López, cuando ambos confrontaron dificultades con el jefe de la institución Belisario Peguero). Desde su nombramiento el nuevo ministro militar cautivó al gobierno de los E.U, y el embajador, WlliamsTapley Bernett, envió a Washigton una descripción de las cualidades, que según el diplomático, adornaban a Pérez y Pérez.
Entre esas cualidades que para la ocasión se atribuían al jefe militar están la “serenidad” que mantuvo durante la llamada operación limpieza en la guerra de abril, donde murieron cientos de personas en la parte alta de la ciudad, su actuación en el desarme de la población civil y la terminación de la crisis originada por los nombramientos de los oficiales, el 6 de enero, quienes fueron acomodados mediante la creación de puestos locales, sin que perdieran su rango.
Semanas más adelante, García Godoy lo “premió” con el ascenso a general de brigada permanente y mayor general de manera temporal, lo que obedeció, entre otras razones, a que logró “evitar el antagonismo que los seguidores de Wessin de la derecha sentían contra el gobierno de provisional, y también contra los constitucionalistas de la izquierda”. Y por último, el presidente atribuyó al militar la paternidad de “mejorar el aparato de seguridad en los meses previos a las elecciones presidenciales del primero de junio”, acción en la que recibió un respaldo decidido de los Estados Unidos.
El doctor Joaquín Balaguer ganó las elecciones del primero de junio de 1966 y un mes después fue juramentado como presidente Constitucional, acto en el cual Pérez y Pérez y su archirival Ney Nivar Seijas, ya reintegrado con el rango de coronel, estaban juntos, detrás del mandatario.