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Las glándulas en las paredes del estómago del caballo, segregan ácidos minerales y enzimas digestivas. Estas son moléculas submicroscópicas, proteínas que desdoblan la materia alimenticia en sustancias que pueden ser absorbidas por el torrente sanguineo. La digestión que se lleva a cabo en el estómago es básicamente un desdoblamiento parcial de las proteínas antes de pasar al intestino delgado.

Al consumir agua cuando el estómago está lleno de comida tiende a desacomodar las capas de alimento y puede llevarse esta la mitad del contenido del estómago al intestino delgado. Posteriormente, los materiales alimenticios, que se han convertido en una masa semilíquida, pasan al intestino delgado donde están sujetas a la acción de tres sustancias digestivas. Estas son secretadas por las paredes del intestino delgado, por el hígado y por el páncreas. Las enzimas intestinales ayudan a la digestión.