Existen dos métodos para colocar el embrión en el tracto reproductor de la yegua sustituta, con cirugía o sin esta. El método quirúrgico incluye el depósito del embrión en desarrollo dentro de la punta del cuerno urinario de la yegua sustituta. Mientras que este método presenta los riegos asociados con cualquier técnica quirúrgica, un estudio del Estado de Colorado de 1979 indica que éxito de un transplante quirúrgico es dos veces mayor que el método no quirúrgico. El trasplante de embrión, sin cirugía, es similar al procedimiento utilizado para la inseminación artificial. El embrión se coloca en un catéter para inseminación y es introducido a travéz del cervix de la yegua sustituta, hacia el útero. Mientras este procedimiento es menos traumático para la yegua, tiene menos probabilidades de éxito en comparación con el quirúrgico.
Aún cuando el procedimiento del trasplante embrionario está tomando auge, en la industria caballar presenta un estado de controversia. Los objetivos más citados por los proponentes de la transferencia embrionaria son que la técnica permite .