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Después de siete a nueve días de la cruza se hace el intento de extraer el embrión para ser transferido. En este momento presenta un tamaño de uno a dos milímetros de díámetro y puede verse a simple vista. La extracción no quirúrgica de embrión no se realiza insertando un catéter o tuvo a través del cervix de la madre donadora para que el útero pueda lavarse con el propósito de desprender el embrión en desarrollo y extraerlo del útero para ser colocado en un recipiente. A pesar de que el embrión es generalmente extraído en el primer o segundo intento, el procedimiento se repite usualmente tres veces. Esta fase de la transferencia, el doctor Squire informa que “la abstención del embrión no es trabajo difícil. Después de la recolección, el embrión es colocado en un líquido a temperatura ambiente y se examina su desarrollo. El embrión puede sobrevivir desde 30 hasta 120 minutos en este medio, pero mientras más rápido sea colocado en la yegua sustituta, mayor son las posibilidades de sobrevivir. Los investigadores de trasplante Rio Vista están trabajando en una técnica que permitirá el congelamiento y almacenamiento del embrión para uso futuro, pero esto está aún en etapas primitas. El embrión debe ser transferido a una yegua sustituta.