En Cuba también se desenvolvía como público defensor y logró amasar una pequeña fortuna. Aquí en 1809 se desarrolló el movimiento de Juan Sánchez Ramírez, conocido como La Reconquistata, el cual puso fin a la dominación francesa en Santo Domingo, decidiendo e1 doctor Núñez de Cáceres regresar a su patria.

Don Francisco Javier Caro fue encargado de 1a organización de la colonia. El Doctor Núñez de Cáceres fue nombrado Asesor de Guerra. En ese cargo, por su forma liberal y civilizada de actuar, no duraría mucho tiempo sin malquistarse con el intransigente don Francisco Javier Caro. Cuando ocurrió 1a llamada Revolución De Los Italianos. También tuvo que intervenir Núñez de Cáceres, frente al brigadier cotuisano don Juan Sánchez Ramírez para tratar de humanizar los métodos del vencedor en Palo Hincado, o sea para aminorar en algo la drasticidad del vencedor de Ferrand.

A la muerte de Sánchez Ramírez, pidió el doctor Núñez de Cáceres que lo nombraran Oidor de la Real Audiencia de Quito, pero no tuvo éxito en su elevada petitoria. La Colonia de Santo Domingo pasó a ser gobernada por el obtuso brigadier Carlos Urrutia y Matos, alias, Carlos Conucos.

La efervescencia revolucionaria empezó a acentuarse a causa de las torpezas de don Carlos Conucos. Ocurrieron algunas rebeliones, como la de Pedro de Seda, 1a de Betances, la de Meaus y Fragoso. Y por igual, la de Pedro Figueroa.

Estas rebeliones fueron escenificadas por hombres de piel oscura, que pensaban en la igualdad de todos los hombres. Carlos Urrutia y Matos, el tristemente célebre Carlos Conucos, fue reemplazado por el brigadier Sebastián de Kindelán y Obregón. La efervescencia revolucionaria siguió hacia adelante. Ahora el Movimiento Separatista estaba encabezado por el doctor José Núñez de Cáceres.

Núñez de Cáceres se convirtió en revolucionario y hasta sostuvo encendidas polémicas con los sacerdotes Bernardo Correa Cidrón, Manuel Múrquez Y Rómulo Frómeta. El gobernador de la colonia, brigadier Sebastián de Kindelán fue sustituido por el también brigadier don Pascual Real.

Núñez de Cáceres se dedicó con más ahinco a un plan liberacionista y conquistó para esos fines a Juan Vicente Moscoso, Manuel Carvajal, Juan Ruiz, Vicente Mancebo y a Antonio Martínez Valdez. Para ese movimiento separatista Núñez de Cáceres conquistó a algunos militares, entre ellos de color negro como Pablo Alí , jefe del batallón de los pardos. Y logró también la adhesión del coronel Amarante, de los capitanes Manuel Martínez y Patricio Rodríguez y de los tenientes Mariano Mendoza y Manuel Machado.

La separación de España o sea la fundación del Estado Libre de Núñez de Cáceres, ocurrió el día primero de diciembre de 1821. La bandera de España fue arriada y en su lugar fue enarbolado el pabellón de la Gran Colombia.