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La independencia del 1844, fruto de los desvelos de Duarte y su lealtad a la causa nacional, significó el inicio de un víacrucis que solo terminaría con su muerte, luego de padecer enfermedades y soledad.
El destino le negó al Apóstol la gracia de convertirse en actor principal del proceso que su magna obra desencadenó, pues mientras estaba expatriado se produjo la separación de Haití.
Sánchez, Mella y Puello dirigieron la fase inicial de la República Dominicana, y ya luego, tras el retorno de Duarte, la correlación de las fuerzas sociales existentes y acaso cierta falta de vocación como conductor de hombres, le enajenaron el sitial que le correspondía en la conducción de los destinos nacionales, a favor de Bobadilla, Santana y Báez, distintos en su estilo de actuación pública, pero con un común empeño de entregar la soberanía nacional conquistada a un nuevo amo colonial.
A su primer regreso el 5 de marzo del 1844, Duarte fue nombrado general y enviado a Sabana Buey, cerca de Baní, para asumir la ofensiva del Ejército del Sur, que permanecía estancado; pero el caudillo oriental Pedro Santana hizo que su tropa de seibanos lo rechazara.
En tales circunstancias, el grupo liberal en la Junta Central Gubernativa expulsó a los conservadores colonialistas, quedando Sánchez en la presidencia; en tanto que Duarte y Mella fueron el Cibao a promover la Independencia, adonde el Ejército del Norte proclamó al primero como presidente, pero el Apóstol respondió que solo aceptaría con el voto de los ciudadanos, y llegó a redactar un proyecto de Constitución.
Como reacción a ese movimiento, Santana marchó a Santo Domingo con su ejército, depuso a la Junta y declaró a Duarte, Sánchez y Mella traidores a la patria, los expulsó del país, y se hizo nombrar presidente de la República, tras hacer aprobar una Constitución que le daba poderes dictatoriales hasta la terminación de la guerra Dominico-Haitiana.
Duarte regresó, veinte años más tarde a ofrecer sus servicios a la República en armas contra su antigua metrópoli, con cuya anexión Santana cometió un crimen de lesa patria; pero los nuevos prohombres prefirieron marginarlo de la situación y le encargaron una misión diplomática que lo llevó, esta vez para siempre, lejos de la tierra que tanto amó.
Fue un héroe romántico, cuya pureza e idealismo lo mantuvieron alejado de las pugnas prosaicas que dividieron al pueblo dominicano durante la Primera y Segunda Repúblicas y cuya ausencia se dejaría sentir en nuestra joven nación.

Al decir de su hermana Rosa Duarte, Juan Pablo era dulce y amable en su entorno familiar, no exento de carácter para los asuntos públicos. Poseía una gran memoria, aunque su formación intelectual superior fue más bien limitada por falta de oportunidades. Su ideal libertario reafirmado una y otra vez, mostró una factibilidad y una fuerza tales, que se impuso a los designios de quienes, con los recursos del poder, solo lograron causarle al pueblo dominicano nuevos motivos de dolor y derramamientos de sangre.
Juan Pablo Duarte encarnó, pues, el ideal de nuestra nacionalidad, el sacrificio supremo, el triunfo de los intereses populares sobre la manipulación de los tiranos. La victoria final le dio la razón sobre la fuerza bruta y la irresponsabilidad hecha gobierno.