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Mientras la Línea Noroeste y el Cibao se desangraban, tiñéndose de la sangre de los españoles y dominicanos, la capital y las regiones sur y este del país mantenían una relativa calma llena de expectativas a la espera de una definición de lo que ocurría en el norte, que hasta se contó con la cooperación del gobierno haitiano.

Los enfrentamientos se trasladaron hacia el sur de la Cordillera Central para finales de septiembre de 1863. Las fuerzas restauradoras, al tener más control del terreno cibaeño, enviaron generales para organizar las luchas que se escenificarían para combatir a los españoles y a sus colaboradores dominicanos. Los llanos orientales de la cuenca del Ozama, al sur de Yamasá y Monte Plata, fueron los campos propicios para los primeros enfrentamientos en donde Pedro Santana tuvo participaciones que le acarrearon varias derrotas, su caída en desgracia con los españoles y precursores de su muerte en julio de 1864.

Los combates en Arroyo Bermejo, Yabacao, Yamasá, San Pedro, Guanuma, Sillón de la Viuda, Los Llanos marcaron la diferencia de un ejército irregular y aguerrido, lleno de aprestos de gloria para ver su territorio liberado de las fuerzas españolas. Esas extensas sabanas para pastos y luego caña de azúcar permitieron a Gregorio Luperón afincarse como la primera espada de la Restauración y extendía sus hazañas a algunas poblaciones del sur como Baní y Azua.

Las fuerzas españolas, después que fueron desalojadas en septiembre de 1863 de Santiago, se concentraron en Puerto Plata en donde recibían sus refuerzos desde Cuba, incendiaron la ciudad y desde allí despachaban expediciones a otras regiones del Cibao, mientras los restauradores en Santiago conformaban su gobierno y consolidaban el control del Cibao con la figura clave de Pepillo Salcedo, que meses más tarde sería ejecutado por órdenes de Gaspar Polanco.

Salcedo fue uno de los héroes restauradores más íntegros, inteligentes y valientes, que la envidia de sus compañeros los llevó a atentar contra su vida y finalmente fue ejecutado en un rincón de la playa de Maimón, indicando Salcedo la forma de cómo quería que se depositara su cadáver en la fosa que se excavó para ese siniestro final de un héroe.

Los enfrentamientos en el sur de la república no tuvieron la intensidad sangrienta de los efectuados en la Línea Noroeste ni en la sabana de Guabatico. En el sur predominó la vesania de algunos generales dominicanos enrolados con los españoles y los latrocinios como los de Pedro Florentino todavía ocasiona horror de la forma cómo fusiló a muchos jóvenes de Baní, así como de los pillajes en Azua y San Juan, hasta que finalmente fue ultimado por un soldado de su ejército. Otro dominicano aferrado a la causa española fue Juan Suero, que se le bautizó como el Cid Negro por su valentía y habilidades para enfrentar a sus compatriotas y salir triunfante para la causa española.

El inicio del 1865 trajo la decisión del gobierno español de concluir su aventura dominicana con un decreto cesando la anexión e iniciar el retiro de las tropas, intercambio de prisioneros y de heridos de manera que el país recuperaba de nuevo su independencia, mientras los restauradores se destripaban enfrascados en una sorda lucha interna de ambiciones y personalismos que dio al traste con el heroico efecto de haber llevado a cabo la hazaña de derrotar un ejército de superior calidad por la cantidad de hombres, armamentos y disciplina.

Las filas restauradoras, con su administración establecida en Santiago, se distinguían por las intrigas, los enfrentamientos y alejamiento de los antiguos camaradas, mientras los españoles se preparaban para su salida que se materializó el 10 de julio de 1865, y ya para fines de mes no quedaban tropas españolas en el país. En un momento dado las tropas se elevaron a más de 25,000 hombres, muy parecido a lo que ocurrió un siglo más tarde durante la guerra patriótica de 1965 con las tropas americanas de intervención, que estuvieron dispuestos a aplastar la rebelión dominicana como fuera necesario. Los españoles tuvieron en contra a su jefe final, José La Gándara que, por su incompetencia, los llevó a constantes derrotas y dejar el país, humillados por los aguerridos dominicanos, muy celosos de su independencia.