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La fundación de las primeras treintena de universidades en tierras del Nuevo Mundo ocurrió cuando aún no había terminado la Conquista y a pocas décadas del Descubrimiento. Casi todas ellas fueron a la vez pontificia y reales: unas, creadas por órdenes religiosas y autorizadas por los Papas para otorgar grados; otras, productos de las iniciativas de la Corona española, dejándose para después la adquisición de exenciones pontificias, tal y como sucediera con la Universidad de Santo Domingo, erigida en 1538 en virtud de la Bula In Apostolatus Culmine del Papa Paulo III; con la de San Marcos de Lima, fundada por Real Cédula del Rey Carlos V, fechada en Valladolid el 12 de mayo de 1551, y confirmada por Su Santidad el Papa Pío V; y con la de México fundada por Real Cédula del Príncipe Felipe, fechada en Toro, el 21 de septiembre de 1551 y confirmada por su Santidad el Papa Clemente VII.
A pesar del atraso científico que prevalecieron en el quehacer de las universidades coloniales, al menos vale la pena mencionar a su favor la concepción unitaria que tenían esas instituciones referente a lo que debía entenderse por universidad; sus pretensiones de autogobernarse; la participación estudiantil en el claustro y en la elección de sus autoridades, así como el derecho a votar en el discernimiento de las cátedras que disfrutaban. Pero, tal como lo expresara el escritor nicaragüense Carlos Tünnermann en su libro “La Educación Superior en el Umbral del Siglo XXI” publicado por la CRESALC/UNESCO en Caracas, 1996. “las universidades coloniales no podía ser sino un reflejo de la cultura española de la época y bien sabemos la situación en que quedó España en relación con la ciencia, cuando se marginó de la Revolución industrial y científica. La inferioridad de España en el campo de las ciencias, pese su extraordinario desarrollo en las letras y las artes, es por cierto un fenómeno que ha merecido las más hondas reflexiones de parte de las mentes españolas más lúcida.”
El advenimiento de las repúblicas americanas y caribeñas no implicó la modificación de las estructuras socio-económicas de esas antiguas colonias. Los movimientos independentistas se limitaron, en gran medida la sustitución de las autoridades peninsulares por los criollos representantes de las oligarquías terratenientes y de las nacientes burguesías comercial. ¿Qué ocurrió con las antiguas universidades coloniales? Que su modelo fue sustituido por un modelo importado: el napoleónico, que no pasaba de ser más que una agencia de facultades profesionales aisladas, algo muy diferente a lo que para entonces se entendía como universidad. Dicho modelo no logró ampliar la composición social de su población estudiantil que siguió siendo representativa de la clase dominante.
En el caso particular de México, a raíz de la Independencia, la Universidad pasó por etapas sucesivas de clausuras y reaperturas según los vaivenes políticos que acontecían en esa época. La Universidad del país azteca se consideró como desaparecida hasta el año 1910 en que, con motivo del primer centenario de la independencia, Justo Sierra logró su refundación con el nombre de “Universidad Nacional de México”. En un principio, esa Casa de Estudios no fue más que una agrupación de escuelas preparatorias y profesionales.