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Cuando aún no se había terminado la conquista de América y a pocas décadas del arribo de Cristóbal Colón a tierras americanas, los españoles habían fundado más de una treintena de universidades en el Nuevo Mundo. Este acontecimiento ha sido explicado de distintas maneras y desde diferentes puntos de vista. Podemos señalar algunas de las necesidades que, a nuestro juicio, impulsaron las primeras fundaciones de universidades en suelo americano: a) la de proveer de educación superior a los novicios de las diferentes órdenes religiosas que acompañaron al conquistador español; b) la conveniencia de proporcionarles a los hijos de los peninsulares y criollos iguales o parecidas oportunidades de educación que las que se ofrecían en la metrópolis, a fin de vincularlos culturalmente al imperio; c) formar el personal necesario para llenar los puestos de primer o segundo orden de la burocracia colonial, civil y eclesiástica; y d) facilitar la presencia en los colegios y seminarios instalados en tierras americanas de religiosos formados en universidades españolas. Afirmamos esto sin perder de vista que esas mismas necesidades podrían haber sido satisfechas sin recurrir a la fundación de casas de altos estudios: Inglaterra construyó un poderoso imperio sin otorgarle importancia alguna a la fundación de universidades. Treinta y dos fue el número de universidades fundadas por los españoles en el Nuevo Mundo. La primera fue la de Santo Domingo en isla La Española, el 28 de octubre de 1538. La última, la de León de Nicaragua, creada por Decreto de la Cortes de Cádiz el 10 de enero de 1812.
Las luchas por la independencia de las naciones americanas no perturbaron los quehaceres de las universidades coloniales pues éstas se libraron sin la participación de esas casas de altos estudios. Sin embargo, justo es reconocer que por las aulas de las universidades coloniales pasaron muchos de los adalides de la independencia americana y que a ellas les correspondió formar la élite criolla que a la postre hubo de asumir la conducción de los asuntos de las nuevas repúblicas.
El advenimiento de las repúblicas americanas no implicó la modificación de las estructuras socio-económica de las antiguas colonias. No fue más allá de la sustitución de las autoridades peninsulares por los criollos representantes de la oligarquía terrateniente y de la naciente burguesía comercial. La imitación, más bien el calco de la universidad francesa fue el camino escogido por las repúblicas para nacionalizar y modernizar las antiguas universidades coloniales al considerarlas como vestigios medievales. ¿Consecuencias? La desarticulación de la enseñanza y la sustitución de esas universidades por escuelas profesionales separadas y carentes de un núcleo aglutinador. Bajo la influencia de la Ilustración, las universidades hispanoamericanas quedaron sometidas a la tutela y guía de los Estados a cuyo servicio debieron consagrar sus esfuerzos mediante la preparación de los profesionales requeridos por la administración pública y la atención de las necesidades sociales de primer orden. Pero, a pesar de todos esos intentos modernizadores, no lograron ampliar la base social de la matrícula estudiantil, que siguió siendo representativo de las clases dominantes. El error más grande de los cometidos por los líderes republicanos estuvo en sustituir las antiguas universidades coloniales por un modelo importado, el de la universidad francesa, sin tomar en cuenta las particularidades de las estructuras socio-económicas del lugar.
Contrario a lo ocurrido en todas las demás universidades hispanoamericanas, la Universidad de Santo Domingo continúo respondiendo al modelo de universidad convento, lo que motivó que la Universidad Primada estuviera muy tardíamente en posesión de los conocimientos y haberes de la modernidad. Los vientos de la Reforma de Córdoba soplaron aquí, justamente después del derrocamiento de la dictadura trujillista.