Treinta y nueve días después del ajusticiamiento de Trujillo, la juventud estudiantil de la Universidad de Santo Domingo irrumpió en el escenario político nacional con una concentración efectuada el 9 de julio de 1961 en el campus de esa Casa de Altos Estudios, a la que asistieron alrededor de mil estudiantes, un número considerable, tomando en cuenta que, según cifras oficiales, la población estudiantil de entonces no superaba los dos mil estudiantes. Dicho acto constituyó una manifestación en reclamo de las libertades públicas y de repudio al presidente Balaguer y a la permanencia en el país de miembros de la Familia Trujillo. Dicha actividad fue suspendida antes de que finalizara debido a la presencia amenazante en los terrenos de la Universidad estatal de tropas policiales y de agentes del servicio de inteligencia militar. Esa manifestación estudiantil, como lo expresa el doctor Jacobo Moquete en su obra El Movimiento Renovador Universitario” constituyó el inicio de una etapa histórica en la que el movimiento estudiantil se integró activamente a la tarea de superar la situación de pasividad y sumisión que le obligó el régimen pasado”. Ese mismo día, los estudiantes de avanzada de la Universidad decidieron fundar una organización estatal que los representara. En efecto, el 13 de julio de 1961 erigieron la Federación de Estudiantes Universitarios. El bachiller Manuel de Jesús Rojas, estudiante de Derecho, fue elegido vocero de la incipiente organización. Los demás integrantes de la Dirección Provisional del gremio estudiantil eran: Asdrúbal Domínguez, Eduardo Delgado, Leopoldo Grullón, Oscar Lama, Miguel Genao, Daniel Céspedes, José Eugenio Villanueva, Víctor Manuel de Camps, Alfredo Loinaz, Rafael Alburquerque, Zaida Lovatón, Antonio Isa Conde, Armando Hoepelman, Mariano Fiallo, Antonio Cuello, Eduardo Houellemont Roques y Ubaldo Francisco Roa. A partir de ese momento, apoyado por catedráticos progresistas, la Federación de Estudiantes orientó sus actividades en lograr convertir la vieja Universidad de Santo Domingo en una institución abierta y democrática que permitiera a todos (plural genérico) el acceso a los estudios superiores, tal y como hoy se consigna en la Artículo 3 de la Constitución de la República.

Atendiendo a las exigencias del estudiantado universitario y del sector democrático del profesorado, el 31 de diciembre de 1961, el presidente Joaquín Balaguer promulgó la Ley 5778 mediante la cual otorgó a la Universidad de Santo Domingo la Autonomía y el Fuero, otorgándole un subsidio anual de no menos del 5% del Presupuesto Nacional. Dicha Ley todavía está vigente. Se designó al doctor Julio César Castaños Espaillat como Rector interino, junto a un Consejo Universitario Provisional integrado por los profesores René Augusto Puig y Froilán Tavárez, y por los estudiantes Antonio Isa Conde y Asdrúbal Domínguez. Once días después, ese mismo Consejo Universitario Provisional suspendió al doctor Joaquín Balaguer de su cargo de catedrático de la Facultad de Derecho y canceló a cincuenta profesores acusándolos de complicidad con algunos de los crímenes que se cometieron en la llamada “era de Trujillo”. Pero, a pesar de esos cambios, poco o nada se hizo para cambiar las arcaicas estructuras académicas y administrativas de la Vieja Universidad. Para ello hizo falta que a las demandas y acciones de los grupos estudiantiles se les sumaran los aportes y los esfuerzos en esa misma dirección de profesores progresistas como Rafael Kasse Acta, Hugo Tolentino Dipp, los hermanos Andrés y Francisco Avelino, Marcio Veloz Maggiolo, Pedro Mir, Aída Cartagena Portalatín, Jacobo Moquete, los hermanos Tirso y Marcio Mejía Ricart, Jottin Cury, Máximo Avilés Blonda, entre otros. A partir del 24 de abril de 1965, esos catedráticos, junto a estudiantes y empleados de la Universidad Primada, compartieron con nosotros, los militares y combatientes constitucionalistas, la noble tarea de librar el suelo patrio de toda inferencia extranjera. Todos ellos, una vez finalizada la Revolución de Abril con la firma del Acto Institucional, reanudaron su asistencia a la UASD con la intención de realizar en esa institución los cambios que la generalidad requería: la transformación de las estructuras, hábitos y modos de acción de la Universidad más antigua del Nuevo Mundo.