Entre las limitaciones de los procedimientos de medicina nuclear tenemos los efectos de las radiaciones en las mujeres embarazadas y el largo tiempo que tardan algunos de los procedimientos.
La única contraindicación para realizarse un procedimiento de medicina nuclear es el embarazo, ya que las radiaciones ionizantes pueden causar daños al feto. La lactancia no es una contraindicación, las madres lactando también pueden realizarse un estudio de medicina nuclear, sólo se les indicará suspender la lactancia por 24 horas luego de la administración del radiofármaco, ya que este se secretará por la leche materna y expondrá a radiaciones innecesarias al lactante. Como el tecnecio tiene una vida media muy corta, una vez pasadas las 24 horas es completamente seguro reanudar la lactancia.
En el caso de que una madre lactando necesite aplicarse una terapia con yodo radioactivo, se le indicará que debe suspender de manera definitiva la lactancia. A diferencia del tecnecio, el yodo tiene una vida media más larga y se secreta también por la leche materna, pudiendo afectar la tiroides del lactante. Una desventaja de la medicina nuclear es el tiempo que tardan algunos de los procedimientos, ya que algunos radiofármacos tardan horas e incluso días en acumularse en la parte del cuerpo que se quiere estudiar, lo que resulta largo para el paciente.