La no consignación de padrinos y testigos en partidas de libros fue una de las faltas más reiteradas en el tiempo, ya observada en 1650 por el arzobispo Guadalupe y Téllez en su visita pastoral a la parroquia de la Catedral y en 1738 por fray José Felipe Mondoro, prosecretario del arzobispo Juan de Galavís, en su visita a El Seibo, lo mismo que la de años omitidos en actas en las que solo se indicaban los meses, como advirtió el citado Fernández de Navarrete en su visita a la mencionada parroquia de la región este en 1682.

La falta de firmas fue también una falta recurrente, frente a cuya advertencia se hacía caso omiso, como comprobó fray José Moreno Curiel, arzobispo de Santo Domingo, en visita a la parroquia de la Catedral en 1754, al advertir que tal desliz fue criticado en 1739, cuando hizo su visita el arzobispo Domingo Pantaleón Álvarez de Abréu.

El estado de los archivos dejaba que desear en determinados casos. En 1784, monseñor Felipe José de Trespalacios, obispo electo de Puerto Rico, giró una visita a la parroquia de Higüey, comprobando que el libro I de matrimonios, iniciado en 1727, estaba mojado y no se hallaba encuadernado y, lo peor, que no existía archivo, por lo que reclamó corregir tales situaciones.

Todo da a entender que esas previsiones no fueron tomadas en cuenta, pues ese libro aparece foliado a partir de 1738.
En la parroquia de la Catedral de Santo Domingo el archivo fue establecido en 1790 por el arzobispo fray Fernando Portillo. Hasta entonces los libros se guardaban en la casa de los curas.

Considerando que el comején había causado destrozos en archivos eclesiásticos y seculares, ordenó que los libros fueran dispuestos en el sagrario del templo y que se limpiaran, airearan y asolearan con frecuencia. El decreto de visita puso de manifiesto una práctica que conspiraba contra la permanencia de lo escriturado: el uso de tintas de mala calidad e incluso vino.