Se presenta durante el primer mes de vida, puede ser séptica o aséptica. Los casos asépticos mas frecuentes es la conjuntivitis química inducida por el nitrato de plata, utilizado profilácticamente en los casos de conjuntivitis infecciosa; cada vez menos frecuente por el uso de la eritromicina en ungüento utilizada en la actualidad. Las principales causas de conjuntivitis neonatal séptica son por clamidia , bacterianas o infecciones virales.

La clamidia es el agente infeccioso mas frecuente. Los bebes adquieren estas infecciones durante su paso por el canal de parto. La patología en la conjuntivitis neonatal esta influenciada por la anatomía del tejido conjuntival en los recién nacidos, la inflamación causa dilatación de los vasos sanguíneos, quemosis , y secreciones excesivas. Esta reacción tiende a ser mas copiosa en casos de : disminución de la inmunidad , abscesos de tejido linfoide en la conjuntiva y ausencia de lagrimas al nacer. La incidencia de conjuntivitos neonatal infecciosa en EE.UU. es 1-2% , dependiendo del nivel socioeconómico. La epidemiología ha cambiado desde que se introdujo el nitrato de plata para evitar la oftalmia gonocócica . La incidencia es mayor en países en vía desarrollo, en Nairobi la incidencia de conjuntivitis gonocócica es 40:1000 casos y la conjuntivitis por clamidia es 80:1000 casos.

El uso de los antibióticos ha cambiado drásticamente el curso de estas infecciones. La oftalmia por clamidia usualmente ocurre 5-14 días después del nacimiento, varia de conjuntivis leve o secreciones mucopurulenta hasta edema palpebral severo con abundantes secreciones y formaciones de pseudomembranas. La oftalmia gonocócica ocurre entre 2-5 días después nacimiento o antes en casos de ruptura prematura de membrana, presenta abundante secreciones e inflamación.