El coronel retirado del Ejército, Pedro Julio Goico Guerrero, se ha visto envuelto en enfrentamientos con la justicia desde 1997.

El coronel retirado del Ejército, Pedro Julio Goico Guerrero, (Pepe), jefe de la avanzada militar y asistente personal del expresidente, Hipólito Mejía, quien gobernó al país en el periodo 2000-2004, saltó a los titulares de la prensa nacional por primera vez en 1997 cuando fue acusado por el director de la Lotería Nacional, Francisco Javier García, de formar parte de un grupo que supuestamente cometió prevaricación, desfalco, estafa y asociación de malhechores en perjuicio de la institución logrando robar más de 90 millones de pesos, hecho por el que fue sometido a la justicia el 12 de septiembre de ese año y descargado del expediente en 2004 por falta de pruebas.

Para noviembre de 2002, Pepe Goico, como se le conoce, fue suspendido de sus funciones como jefe de seguridad del expresidente Hipólito Mejía por su supuesta vinculación en el desfalco por más de 400 millones de pesos al Banco Intercontinental (BANINTER), años más tarde el militar sería acusado de hacer retiros millonarios de tarjetas de crédito del referido banco asignadas a la Presidencia de la República.

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El 30 de agosto de 2004, el entonces presidente, Leonel Fernández, pone en retiro al coronel Pepe Goico mediante el Decreto 1069-04, para septiembre de ese mismo año el ahora retirado oficial salió del país con destino a Paris, Francia, con el propósito de realizar unos estudios avanzados, tras conocerse esta acción las autoridades iniciaron una investigación debido a que existía una orden de impedimento de salida del país para el oficial quien salió de la nación días después de conocer la posibilidad de que los abogados del bufete de Pelegrín Castillo lo sometieran por el uso dado a las tarjetas de crédito del ya quebrado banco BANINTER.

En julio de 2005 Pedro Julio Goico Guerrero se encontraba en Madrid, España, donde continuaba sus estudios avanzados cuando fue ordenado su arresto por su presunta vinculación con el capitán de la Policía Nacional y narcotraficante, Quirino Ernesto Paulino, además de uso de dinero proveniente del tráfico de drogas. Ese mismo mes fue tramitada la orden de extradición con las autoridades de España para retornarlo al país, para agosto del mismo año la INTERPOL anunció que colaboraba en la ejecución del proceso.

Posteriormente, a casi un año de dictarse una orden de arresto en su contra, el 21 de mayo de 2006, llegó al país y fue arrestado inmediatamente por su supuesta participación en actividades vinculadas al lavado de activos provenientes del narcotráfico por la compra, un año atrás, de un helicóptero Colibrí por la suma de 600 mil pesos pagados por Goico quien pidió al vendedor del aparato hacer el recibo de compra de la aeronave a nombre de José Ramón López. Este vehículo sería posteriormente vendido a Quirino Ernesto Paulino, quien cumplió condena en Estados Unidos por tráfico de drogas.

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También en 2006, Pepe Goico fue enviado a la cárcel de La Victoria como medida de coerción por el caso que se le conocía en los tribunales, no obstante, antes de cumplirse los tres meses salió tras pagar una fianza de 10 millones de pesos impuesta como variación de la medida de coerción que cumplía impuesta por el juez Alejandro Vargas.

El juicio por esta caso terminó siendo aplazado para 2007 cuando fue enviado a juicio de fondo -que también fue aplazado-, en esta ocasión el coronel Pepe Goico daría declaraciones a la prensa afirmando que entró «como un león», haciendo referencia a los cargos de lavado de activos provenientes del narcotráfico (acusación inicial en su contra en el expediente) y salió «Como un corderito» indicando el cambio en la acusación del Ministerio Público a un cargo más leve. Ya para 2008, Pepe Goico, también fue descargado de este expediente por falta de pruebas.

Durante el 2012, el exjefe de la avanzada militar del expresidente Hipólito Mejía, tuvo un breve encontronazo con la justicia luego de ser investigado por supuesta conspiración para derrocar el gobierno del presidente haitiano, Michel Martelly, luego de que se recibiera información respecto a esta acción departe de los organismos de inteligencia haitianos; este caso fue archivado el 21 de agosto de 2012.

El coronel retirado del Ejercitó Nacional, Pedro Julio Goico Guerrero, a pesar de verse envuelto en estos conflictos por la ley que incluyen supuestos robos millonarios, narcotráfico y conspiración, ha sido defendido en varias ocasiones por el expresidente de la República, Hipólito Mejía, quien ha manifestado públicamente que las acusaciones en contra de Goico carecen de fundamentos y buscan desviar la atención de la sociedad manteniéndolo como un hombre de su confianza quien lo ha acompañado en su carrera política incluso desde su salida de la presidencia hasta la actualidad.

Goico también ha resaltado en la prensa nacional por sus enérgicos pronunciamientos llegando a ser considerado por algunos periodistas, políticos y autoridades como un hombre de carácter fuerte y autoritario.