Ajusticiado el dictador Rafael L. Trujillo, el 30 de mayo de 1961, el doctor Joaquín Balaguer continuó desempeñándose como presidente de la república. Con la intervención directa del gobierno de los Estados Unidos, el gobernante adoptó múltiples medidas contra la familia Trujillo y contra el selecto grupo de militares que eran considerados peligrosos para el futuro de la democracia y la institucionalidad del país.

Mediante la primera disposición, el mayor general del Ejército, Santos Mélido Marte Pichardo, fue nombrado secretario de las Fuerzas Armadas, en sustitución de José René Román Fernández (Pupo), involucrado en el ajusticiamiento del dictador.

Horas después fue creado el Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas, órgano máximo de los institutos castrenses, cuya dirección fue confiada al hijo mayor de Trujillo, el general Ramfis Trujillo.

Quedaron sin efecto los nombramientos y la cancelación de las condecoraciones otorgadas al general Juan Tomás Díaz y al primer teniente Amado García Guerrero, otros participantes en el complot contra el generalísimo. Asimismo, fue cancelado el nombramiento del teniente coronel Johnny Abbes García, director de temible Servicio de Inteligencia Militar (SIM), designado cónsul en Japón.

El hermano de Luis José León Estévez, Antonio Manuel, fue reintegrado al servicio activo de las FF. AA. y un hijo de este último, el teniente coronel Julio Antonio Estévez, fue nombrado intendente general de la Marina de Guerra. Todos eran de la extrema confianza Ramfis, y Luis José fue primer esposo de Angelita Trujillo. El teniente coronel Enrique Pérez y Pérez fue colocado en la intendencia del Ejército y tesorero de la Junta Administradora de Retiro de las FF. AA.

El mayor general Fernando A. Sánchez hijo quedó designado jefe del E. N. y presidente de la junta compradora de los equipos y mercancías de las FF. AA. y la Policía Nacional. Más adelante el alto militar fue transferido a la jefatura de la Aviación Militar Dominicana y sustituido por el general Virgilio García Trujillo. El licenciado Felipe Osvaldo Perdomo Báez y el mayor AMD Rafael Tomás Fernández Domínguez, fueron director y subdirector, respectivamente, de la Agencia Central de Información (hoy el DNI), unidad que fue colocada bajo la dependencia directa de la jefatura de Ramfis. El teniente de navío Rolando Polanco, sustituyó al mayor del EN, Francisco Alberto Caamaño Deñó, posteriormente jefe de la unidad policial Cascos Blancos. Caamaño a las tres ramas de las FA. Estando en la M. de G. acompañó al general Imbert Barreras en la salida del país del destronado presidente Juan Bosch. Más adelante, el presidente autorizó un aumento de 20 pesos mensuales a los sueldos de los alistados de las FA y la PN.

Los choferes Zacarías de la Cruz, del ajusticiado dictador, y Leopoldo Puente, del mayor Elías Wessin y Wesin, fueron condecorados con la orden al Mérito Militar, mientras una docena de altos jefes militares de tendencia trujillista fueron enviados en posiciones diplomáticas en el exterior, entre los que estaban los coroneles Valdez Vidaurre, Natalio Medina, Jorge Moreno, González Pomares, Angel Ramos Usera, Luis A. Román, Salvador Montás Guerrero, los hermanos Rodríguez Echavarría, entre otros. Miembros del gabinete constituido por Balaguer fueron José A. Bonilla Artiles, canciller; Germán Ornes, en Educación; Tabaré Álvarez Pereyra, Interior Policía; José A. Fernández Caminero. Salud Pública; Angel Severo Cabral, en Agricultura, y Antonio García Vásquez, Procurador General de la República .

A raíz de la salida obligada del país de la Familia Trujillo, Balaguer designó secretario de las FF. AA. al general Pedro Ramón Rodríguez Echavarría, y a su hermano, Santiago, en la AMD, gestión que fue de corta duración, puesto que a fines de diciembre de 1961, Balaguer, ante las presiones de organizaciones políticas y grupos sociales se vio obligado a compartir la administración del Estado con un Consejo de Estado integrado, además de él, por siete personalidades, entre los que figuraban el licenciado Rafael F. Bonelly, como vicepresidente, y los sobrevivientes en la muerte de Trujillo Luis Amiama Tió y Antonio Imbert Barreras.

Quince días después, a mediados de enero de 1962, hace ahora 64 años, acosado por las presiones políticas Balaguer promovió un autogolpe de Estado y creó una Junta Cívico-Militar trujillista-balaguerista encabezada por el doctor Huberto Bogaert, que tuvo una duración efímera. Fue desplazada por un grupo de militares de avanzada que reconstituyeron el Consejo de Estado, presidido por Rafael Bonelly. Mientras tanto, Balaguer salía al exilio.

Bonelly nombró en la dirección de las FF. AA. al ascendido mayor general Víctor Elbby Viñas Román, que era subsecretario de los institutos castrenses; Miguel A. Atila Luna, en la AMD; Félix Hermida hijo, en el Ejército y Francisco Javier Rivera Caminero, en la Marina de Guerra. Se crearon las subsecretarías sectoriales para las tres instituciones militares, al tiempo que se clausuraron el llamado servicio militar obligatorio y la Policía Rural.

En un hecho calificado de insólito, el civil Manuel Secundino Pérez Peña fue designado jefe de la Policía, nombramiento que provocó una revuelta entre oficiales y clases del cuerpo del orden, y como sustituto fue colocado el teniente coronel Rafael Bienvenido Castro. Como subjefe es nombrado el teniente coronel Belisario Peguero, que meses mas adelante es designado jefe de la institución. Fueron investidos con el grado de general del Ejército, Luis Amiama Tió y Antonio Imbert Barreras, participantes en el complot contra Trujillo, y dos semanas después fueron ascendidos al grado de general de Brigada, con sendas pensiones de $2,500,00.