La gobernanza del agua encierra las reglas, la toma de decisiones de políticas públicas del agua y su implementación. Entre el INDRHI, las juntas y asociaciones de regantes, se convinieron obligaciones y deberes que implicaron la prerrogativa de cobrar el valor del agua de riego y la utilización de esos recursos financieros en sus trabajos de manejo, operación y conservación de los sistemas de riego y gastos conexos.

El convenio prioriza los principios de equidad, el uso eficiente y la conservación del agua para satisfacer las necesidades de los usuarios y de los interesados en el desarrollo del riego.

Las juntas de regantes poseen normas y estatutos. Rinden cuentas por medio de auditorías internas y externas. El INDRHI anualmente las audita y sin menoscabar su independencia comprueba y vigila que su accionar se mantenga dentro de sus propias regulaciones. Los conflictos entre regantes son historia.