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A partir del surgimiento de las repúblicas latinoamericanas, la crisis de sus universidades adquirió caracteres dramáticos debido a la nacionalización de las mismas y a la pérdida de su antiguo carácter ecuménico ligado a la idea de la cristiandad. El modelo napoleónico, utilitarista y profesionalizante, se tornó el preferido por las nuevas repúblicas, lo que originó diferentes perspectivas y problemas propios que afectaron no sólo las labores docentes, científicas y culturales de las casas de altos estudios sino el propio progreso económico y social de la región. Resultaba difícil encontrar algo más opuesto a lo que había sido las universidades coloniales. El primer cuestionamiento a ese modelo de universidad tuvo lugar en Córdoba, Argentina, en junio de 1918, fecha ésta de especial significación debido a que marcó el ingreso de Latinoamérica al siglo 20.
La Real y Pontificia Universidad Autónoma de Santo Domingo ha sufrido en carne propia las vicisitudes de la agitada vida política dominicana. Uno de sus rectores, nos referimos al doctor José Núñez de Cáceres, proclamó la Independencia de 1821.
Otros llegaron a ocupar la primera magistratura del Estado. En las aulas de la Universidad Primada de América se fomentaron y fomentan rebeldías contra intervenciones extranjeras y dictadores nativos. El primero de abril de 1928, los estudiantes de la Universidad Primada fundaron una organización estudiantil presidida por el bachiller Pedro R. Batista llamada Asociación Nacional de Estudiantes Universitarios (ANEU) teniendo ésta como objetivo principal la realización de una reforma universitaria a tono con el Movimiento de Córdoba de 1918. El golpe militar que derrocó al gobierno liberal de Horacio Vásquez en febrero de 1930 afectó la unidad y el entusiasmo que en principio exhibieron los dirigentes de la ANEU y determinó que la otrora pujante organización estudiantil desapareciera. Era que en un gobierno como el de Trujillo, no podían tener cabida planteamientos como los de Córdoba. La Universidad Primada continuó sumida en el pasado. Años después, gracias a los esfuerzos y diligencias del rector Julio Ortega Frier y no “a las sabias iniciativas del doctor Rafael Leónidas Trujillo Molina, Benefactor de la Patria y Padre de la Patria Nueva,” a mediados de los años cuarenta del pasado siglo 20, la Universidad se trasladó a una moderna ciudad universitaria construida en las afueras de la ciudad de Santo Domingo. Fue innegable el progreso material que la Universidad Primada experimentó en esos años, en locales y en instrumentos de enseñanza. Pero, su organización y su estructura de gobierno permanecieron anclados en el pasado. Y su enseñanza anquilosada por una mordaza impuesta por Trujillo que impedía toda discusión sobre temas que pudieran despertar inquietudes. Eran más las cátedras que se hundían en el pasado que las que abordaban problemas de actualidad. Todos los catedráticos tenían que estar afiliados al Partido Dominicano y demostrar una adhesión activa al régimen de Trujillo. Lo mismo ocurría con los rectores y decanos de facultades. En su libro la “Era de Trujillo” el profesor español Jesús de Galíndez (secuestrado y asesinado luego por Trujillo en persona) describe la impresión que le causó el ambiente universitario cuando arribó por primera vez al país en calidad de exiliado político.