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El generalísimo Rafael Leónidas Trujillo Molina, quien gobernó al país durante más de treinta años, fue ajusticiado alrededor de las 10 de la noche del martes 30 de mayo de 1961 en la avenida George Washington mientras se dirigía a su hacienda Fundación, localizada en el Municipio de San Cristóbal, distante a treinta kilómetros al oeste de la ciudad de Santo Domingo, llamada entonces Ciudad Trujillo.

Siete hombres acometieron la proeza de eliminar físicamente al sátrapa: Antonio de la Maza, Antonio Imbert Barrera, Amado García Guerrero, Salvador Estrella Sadhalá, Pedro Livio Cedeño, Huáscar Tejada Pimentel, y Roberto Pastoriza Neret. El ajusticiamiento de Trujillo despertó las energías y las ansías de libertad del pueblo dominicano. Días después de que el cadáver del sátrapa fuera depositado en una cripta de la iglesia de su ciudad natal, surgieron de la sombra miles de víctimas de la tiranía. Centenares de exiliados retornaron al país proclamando a los cuatro vientos su condición de tales. Los dominicanos vivieron meses de angustias y de esperanza.

Las manifestaciones políticas y las grandes movilizaciones de masa a cualquier hora del día o de la noche se convirtieron en medios efectivos de lucha a favor de la desaparición de los remanentes de la tiranía y de la democratización del país. Mientras todo esto ocurría, el presidente Joaquín Balaguer y el general Rafael Leónidas Trujillo hijo, Jefe del Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas Dominicanas, hablaban al unísono de un supuesto proceso de apertura democrática que no era más que un intento de parte de ellos dos, y de otros, de consolidar un régimen trujillista sin Trujillo.

Afortunadamente fracasaron en su intento: el 18 de noviembre de 1961, un grupo de oficiales pilotos de la Aviación Dominicana encabezado por los generales Pedro Rodríguez Echavarría y Andrés Rodríguez Méndez se rebelaron contra los Trujillo, recibiendo apoyo inmediato de todas las organizaciones opositoras a un régimen que aún retenía una significa cuota de poder. Pasadas las veinticuatro horas de ocurrido ese hecho, no quedaba en el país una sola persona de apellido Trujillo. Pero, la agitación política nunca se detuvo. A continuación era la cabeza del presidente Balaguer la que se pedía.

A principios de diciembre de 1961, el presidente Balaguer hubo de enfrentar una huelga general que duró doce largo días y que al fin lo obligaron a ceder ante la oposición de la Unión Cívica Nacional que exigía su participación en el gobierno. También, el sustituto de Trujillo se vio obligado a consentir que la Constitución de la República se modificara para darle paso a la creación de un Consejo de Estado de siete miembros presidido por el mismo mandatario para gobernar el país un año, ejerciendo los poderes Ejecutivo y Legislativo hasta que se redactara una nueva Constitución y se celebraran nuevas elecciones.

Todos esos acontecimientos impactaron en la vida universitaria e hicieron posible que la Universidad de Santo Domingo se encaminara por otros derroteros. Al efecto, el 31 de diciembre de 1961, el presidente Balaguer promulgó la Ley 5778 mediante la cual se le otorgaba a la Universidad de Santo Domingo la Autonomía y el Fuero, concediéndole además el 5% del presupuesto nacional destinado al financiamiento de sus operaciones. Se creó un Consejo Universitario Provisional presidido por el doctor Julio César Castaños Espaillat, el cual procedió de inmediato a la cancelación de cerca de 50 catedráticos colaboradores cercanos de la dictadura trujillista, incluyendo al presidente Joaquín Balaguer.

La Universidad de Santo Domingo fue redefinida como una comunidad de profesores y estudiantes con poderes para dictar sus propias leyes y reglamentos. Fue así como la Universidad Primada de América, acogiéndose a los planteamientos de la Reforma de Córdoba, se colocó junto a umbral del siglo 20.