Son contados los biógrafos de Buenaventura Báez que han puesto de manifiesto la incidencia que tuvieron sus vínculos familiares en sus ejecutorias como Primer Magistrado de la Nación.

Emilio Rodríguez Demorizi, en su obra Papeles de Buenaventura Báez, trae el testamento que Báez otorgó en Mayagüez, Puerto Rico, el 30 de julio de 1883, el cual nos permite conocer quiénes fueron algunos de sus hijos. En una de sus disposiciones, declaró tener entonces seis hijos naturales, a quienes instituyó como sus herederos universales, a saber: Pablo y Manuel, procreados con Teresa Batista; Francisco, hijo de Josefa Silverio; Félix, que nació de su unión con Carmen Cordero (María del Carmen, según unas Noticias de la familia Báez, reproducidas también por Rodríguez Demorizi), Osvaldo (Teodoro Osvaldo Buenaventura, de acuerdo a la misma fuente) y Ramón, hijos de Concepción (Conchita) Machado, viuda de Martín Miura. En otra parte del testamento cita una hija, Amelia, nacida de su vínculo con Fermina Andújar, evidentemente fallecida al momento de otorgar su última voluntad, por cuanto indica que durante su vida le di una casa y en efectivo la suma de tres mil pesos fuertes.

Carlos Báez Batista, según las citadas Noticias de la familia Báez, nació hacia 1832 y fue hermano de Pablo y Manuel, dato que lo confirma una carta de Buenaventura Báez a su hermano Damián escrita en París el 15 de junio de 1863, en la que testimonia que eran tres los hijos de Teresa Batista.

María y Manuel Báez Dupont, hijos de Corina Dupont y nacidos en Francia, acaso en una de sus estadías en París, aunque no los cita en su testamento, fueron también hijos suyos, pues de su paternidad da cuenta Concepción Machado en una carta a sus hijos Osvaldo y Ramón. Un documento titulado Las cosas del mundo, copiado también por Rodríguez Demorizi, en el que se criticaba el nepotismo reinante en su gobierno, le atribuía como hijos al propio Vicepresidente de la República, general Manuel Altagracia Cáceres (Memé); a dos homónimos de nombre Francisco, uno general, comandante de armas de Azua y otro coronel, comandante de armas de San Pedro de Macorís; Antonio Báez, su ayudante de campo; Gollito González, empleado de la Aduana de Puerto Plata y José María Reyes, portero del Palacio.

De sus hijos, Manuel Báez Batista nació en 1839 cuando Báez era un desconocido en el ámbito político, en el que debutó al endosar el Plan Levasseur en 1843, año en que nació su hijo Félix Báez Cordero; Manuel fue abuelo del periodista Manuel A. Machado Báez.

Osvaldo y Ramón Báez Machado fueron reconocidos en Mayagüez, Puerto Rico, en 1874, año en que renunció a la presidencia ante el triunfo de la revolución de 1873; cuando pretendía legitimarlos mediante el matrimonio con su madre, la muerte le sorprendió en Hormiguero, Puerto Rico, lugar de su último exilio, en 1884. De ellos, Ramón nació en Mayagüez en 1858 y murió en Santo Domingo en 1929. Fue médico, diputado, presidente del ayuntamiento de Santo Domingo, oficial de la Legión de Honor y Presidente Provisional de la República. Uno de sus hijos, Buenaventura Báez Soler, fue padre de Ramón Báez Romano, actual presidente de la editora Listín Diario. Osvaldo Báez Machado (1857-1930) fue ingeniero y entre sus obras estuvo el Palacio Consistorial de Santo Domingo. Fue padre del también ingeniero José Ramón Báez López-Penha (Moncito).

Amelia Báez Andujar casó el general Marco A. Cabral, siendo madre, entre otros, de Ramona Cabral y Báez, madre del reputado abogado Eduardo Sánchez Cabral; José María Cabral y Báez, tronco de la familia santiaguera Cabral Bermúdez y cuyo nombre lleva el Hospital Regional Universitario de Santiago; y Mario Fermín Cabral y Báez, padre del poeta Manuel del Cabral y figura de temprana notoriedad del régimen trujillista, renombrado políticamente por su liderazgo en el golpe del 23 de febrero de 1930.